Lekárne sú v súčasnosti prevádzkované prevažne ako spoločnosti s ručením obmedzeným (s.r.o.). Na tieto subjekty sa vzťahuje povinnosť vedenia podvojného účtovníctva. Hlavnou a podstatnou činnosťou lekárne je nákup a predaj liekov, ďalším príjmom môže byť odplata za spracovanie lekárskeho predpisu.
Z hľadiska nákupu a predaja liekov je dôležité najmä správne nastavenie a obsluha informačného systému lekárne. Tieto systémy sú v dnešnej dobe naštastie už veľmi kvalitne spracované a vo veľkej miere aizované. Správnou obsluhou informačného systému je dôležité zaznamenať informácie:
Z hľadiska poplatku za spracovanie receptu ide o poskytnutie služby. Aby bola operácia správne zaúčtovaná, je potrebné aby v rámci dennej, resp. mesačnej závierky boli odlíšené tržby za lieky (tovar) od tržieb za poplatky (služby). Osobitne treba spomenúť prípady, kedy pri spracovaní lekárskeho predpisu cez eRecept, na základe dohody medzi VšZP a SLK, poistenci neplatia poplatok za spracovanie receptu, kedy si lekáreň náklady uhrádza z vlastných zdrojov. V zmysle stanoviska Finančnej správy sa v tomto prípade o poskytnutí služby, ale ani o nákladoch na vystavenie poukazu neúčtuje.